2026년 제2기 부가세 예정신고 기한은 10월 26일(월)입니다. 원래 기한인 10월 25일이 일요일이라 하루 늦춰졌습니다.
법인사업자는 7~9월 실적을 이 기간에 신고해야 하고, 개인 일반과세자는 예정고지된 금액을 낸 뒤 2027년 1월 25일 확정신고 때 한 번에 정산하면 됩니다.
이카운트를 사용하고 있어도 신고 직전에 숫자가 맞지 않아 대조에 시간을 쓰는 회사가 적지 않습니다.
홈택스에 쌓인 자료와 ERP에 입력한 전표가 어딘가에서 맞지 않기 때문입니다. 중원컨설팅이 이카운트 세팅과 운영을 도와드리며 부가세 신고 시즌마다 확인하는 항목을 순서대로 정리했습니다.
이 글에서 다루는 내용
• 홈택스 자료와 이카운트 자료 대조
• 빠진 카드 매입과 중복 전표 확인
• 세금계산서 진행단계 확인
• 과세·면세 품목의 부가세율 세팅
• 신고 후 예수금·대급금 정리
1. 홈택스 자료와 이카운트 자료부터 맞춰 봅니다
신고서를 만들기 전에 홈택스에 올라간 세금계산서와 이카운트 전표가 같은지 확인합니다.
[회계 I > 전자(세금)계산서 > 홈택스자료조회]에서 홈택스의 전자(세금)계산서를 불러온 뒤, 같은 메뉴의 [이카운트 vs 홈택스 자료비교]에서 두 자료를 나란히 비교하고 빠진 자료를 바로 등록할 수 있습니다.
대조할 때는 거래처 사업자번호, 날짜, 금액 세 가지를 확인하고, 금액이 같고 날짜만 다른 건은 넘어갑니다.
자료기준에서 '불일치'를 고르고 '일자 불일치 제외'를 체크하면 이런 건은 처음부터 빼고 확인할 수 있습니다.
꼭 확인해야 할 것은 한쪽에만 있는 자료이며, 원인은 보통 미발행, 종이 발행, 입력 오류 가운데 하나입니다. 결과는 '국세청 자료(불일치)'와 'ERP 자료(불일치)' 두 표로 나뉘어 나오고, 국세청에만 있는 건은 [ERP전표생성] 버튼으로 바로 전표를 만들 수 있습니다.

점검을 도와드린 한 고객사에서는 이카운트에는 있는데 국세청에는 없는 7만 6천 원짜리 계산서가 나왔습니다.
거래처 사업자번호를 잘못 등록해 둔 것이 원인으로 보였습니다. 금액이 작아도 거래처 정보가 틀려 있으면 이후 거래에서도 같은 문제가 생길 수 있습니다.
홈택스 자료조회는 작성일자가 아니라 전송일자를 기준으로 조회된다는 점도 알아 두세요.
거래처가 늦게 발행한 계산서는 지난달 조회에서 빠질 수 있습니다. 매월 10일쯤 지난 한 달 치를 다시 조회하는 습관을 들이면 신고 기간에 몰아서 찾아야 하는 일이 줄어듭니다.
2. 빠진 카드 매입과 중복 전표를 확인하세요
매출은 회사가 직접 발행하니 빠지는 일이 드물지만, 매입 자료가 빠지면 공제받을 세액이 그만큼 줄어듭니다.
놓치기 쉬운 것 중 하나가 경비로 사용한 카드 매입입니다. 한 고객사는 경비 카드 매입 전표를 이카운트에 입력하지 않아 부가세대급금에 반영되지 않았습니다.
회계사무소는 홈택스의 카드 매입까지 모두 반영해 계산하니 금액이 맞지 않았고, 그 차액을 잡손실로 처리해 왔습니다.
[회계 I > 계좌/카드 > 카드매입조회]에서 결제 내역을 불러와 전표를 만들고, 홈택스의 사업용 신용카드 자료와 비교해 보세요.

반대로 같은 매입이 두 번 잡히기도 합니다. 구매입력으로 전표를 먼저 만든 상태에서 홈택스 자료를 직접 불러오면 중복 전표가 생깁니다.
구매입력과 구매 일괄회계반영을 먼저 하고, 그다음 홈택스 자료비교로 빠진 건만 전표로 만들어야 합니다.
3. 발행한 세금계산서는 진행단계에서 확인하세요
이카운트에서 발행 버튼을 눌렀다고 국세청 전송까지 끝난 것은 아닙니다. [회계 I > 전자(세금)계산서 > (세금)계산서진행단계]에서 상태를 확인해야 합니다.
화면 위쪽에 생성오류, 국세청오류, 미발행 건수가 따로 표시되니, 신고 전에 이 세 가지만 눌러 봐도 처리가 끝나지 않은 건을 찾을 수 있습니다.
미발행에는 세금계산서 발행 대상이 아닌 거래가 섞여 있을 수 있으니, 숫자를 눌러 한 건씩 확인해 보세요.

신고 직전에 특히 자주 막히는 부분은 다음과 같습니다.
• 인증서 만료: 공동인증서가 만료되면 발행이 멈추고, 갱신한 인증서를 이카운트에 다시 등록해야 합니다.
• 권한 문제: 담당자 ID에 발행 권한이 없으면 발행이 막힙니다. 마스터 계정에서 해당 ID의 권한을 확인하세요.
• 수정이 필요할 때: 이카운트에서 발행한 계산서는 진행단계에서 수정세금계산서를 발행하며, 연결된 회계·재고 전표도 함께 수정할 수 있습니다. 홈택스 등 외부에서 발행한 계산서는 홈택스에서 수정 발행한 뒤, 이카운트에 마이너스 계산서로 입력해야 두 자료가 맞습니다.
4. 과세·면세가 섞여 있다면 품목마다 세율을 정해 두세요
전표의 부가세가 잘못 잡히면 신고서의 칸이 모두 틀어집니다. 과세 품목과 면세 품목을 함께 다루는 회사라면 처음 세팅할 때 원칙을 정해 두어야 합니다.
중원컨설팅은 과세·면세가 섞인 사업장을 세팅할 때 아래 원칙을 적용합니다.
• 전표 거래유형 기본값은 '부가세율 적용'으로 고정합니다.
• 모든 품목에 부가세율을 적습니다. 과세 품목은 10, 면세 품목은 0이며 빈칸은 두지 않습니다.
• 면세 비중이 큰 회사도 기본값을 '미적용'으로 바꾸지 않습니다. 거래유형을 미적용으로 두고 품목에 10%를 넣어 과세로 바꾸는 방식은 이카운트에서 작동하지 않습니다.
• 한 거래처와 과세·면세 거래가 함께 있으면 회계반영과 세금계산서 발행을 과세분과 면세분으로 나눠 처리합니다.
업종 이름만 보고 정하기보다 실제 품목을 기준으로 관리하는 것이 핵심입니다. 일괄회계반영을 잘못했다면 취소하고 다시 반영할 수 있으니, 신고 전에 몇 건이라도 열어 확인해 보세요.
5. 신고가 끝나면 예수금과 대급금을 정리하세요
신고서를 내고 세금을 냈는데 이카운트에 기록이 없으면, 장부에 부가세예수금과 부가세대급금이 계속 남아 다음 신고 때 잔액이 맞지 않는 원인이 됩니다.
중원컨설팅이 실제 교육과 지원에서 안내한 처리 순서는 다음과 같습니다.
1. 신고 결과를 보고 매출부가세(예수금)와 매입부가세(대급금)를 대조합니다.
2. 예수금과 대급금을 상계하는 전표를 만듭니다.
3. 낼 세금이 남으면 예수금을 보통예금 출금으로 정리하고, 환급이면 보통예금 입금으로 대급금을 정리합니다.

예를 들어 매출부가세가 150만 원, 매입부가세가 100만 원이면 둘을 상계하고 남은 50만 원을 납부 처리합니다.
미지급금으로 먼저 잡았다가 실제 납부·환급 때 정리해도 되고, 납부일에 일반전표로 한 번에 처리해도 됩니다.
법인이 10월 예정신고 때 낸 세액은 1월 확정신고에서 빼고 계산하므로, 이 기록이 있어야 확정신고 때 헷갈리지 않습니다.
신고 시즌이 편해지려면 평소 세팅이 중요합니다
홈택스 자료와 이카운트 전표가 평소에 맞아 있으면 신고는 확인 작업으로 끝납니다.
반대로 매달 쌓인 차이를 신고 직전에 한꺼번에 맞추려면 그만큼 일이 몰립니다.
이카운트를 사용하는데 매번 신고 때마다 숫자가 안 맞는다면, 프로그램보다 처음 세팅과 입력 흐름을 다시 확인해 봐야 합니다.
중원컨설팅은 이카운트 도입 컨설팅부터 기존 세팅 점검, 담당자 교육까지 실제 업무 흐름에 맞춰 도와드립니다.
